미녹시딜은 도포한 부위에 혈액순환을 도와 영양 공급이 잘 되게 해 머리가 자라게 한다. 하지만 잘 먹지 못하거나 다이어트 등으로 두피 쪽에 영양이 부족한 경우에는 효과가 떨어진다. 이런 점 때문에 두피 영양소가 포함된 미녹시딜을 판매하기도 하는데 마케팅일 뿐 별다른 약효 차이는 없다. 애초에 영양이라는 게 전신으로 작용하는 것이지 국소 피부에 작용하는게 아니다. 미녹시딜이 발모를 촉진하는 기전에 대해서는 아직 정확하게 밝혀지지는 않았다. 다만, 세포막의 과분극을 유도해 혈관을 확장시키고, 칼륨 채널 오프너로 작용해, 모낭에 산소 및 영양소의 공급을 강화시키고, 모낭의 휴지기를 줄여줘서 발모 효과를 보이는 것이 아닐까 하는 정도의 추측만 하고 있을 뿐이다. 미녹시딜을 바르면 초기에는 휴지기를 거치거나 털의 종류가 바뀌기 시작하는 단계에 있는 머리카락이 빠지면서 일시적으로 급격히 탈모가 진행될 수 있다. 이를 쉐딩(셰딩)이라고 하는데, 이 때문에 미녹시딜이 오히려 탈모를 악화시킨다는 오해를 하기도 한다. 하지만 이는 일시적인 현상으로 어차피 상태가 좋지 않아서 오래 견디지 못할 머리카락이 빠지는 것 뿐이다. 계속 바르면 해당 부위에 다시 머리카락이 생기니까 걱정하지 말고 계속 바르도록 하자. 사용을 중지할 경우, 탈모가 더 악화되는지의 여부 또한 확실하게 알려져 있지는 않다. 경험적으로는 사용을 중지해도 악화되지는 않고 그냥 원래 모습대로 돌아간다고 한다.